10 Temmuz 1660 yılında İstanbul'da vefat eden Rüstem Paşa doğal nedenlerle ölen ender Osmanlı paşalarındandır. Ancak ölümü oldukça hüzünlü ve biraz da hakkında söylenenlere rağmen içinde iyi bir şeyler taşıdığını ispatlar gibidir. Mihrimah Sultan ile evliliğinden dünyaya gelen tek kızı Ayşe Sultan dönemin en tehlikeli hastalığı olan vebaya yakalanınca Rüstem Paşa üzüntüsünden kahrolur. Biricik kızının iyileşmesi için elinden gelen her şeyi yapan paşa bu süreç içerisinde çok yıpranır ve hastalanır. Günden güne durumu kötüleşen paşa tüm çabalara rağmen kurtarılamaz ve 10 Temmuz 1562'de vefat eder. Aynı tarihli baylos raporunda Rüstem Paşa'nın nasıl öldüğü ve ölümünden sonraki gelişmeler ayrıntılarıyla yer bulmaktadır. Buna göre Rüstem Paşa'nın durumunun ağırlaşmasının ardından Mihrimah Sultan, hemen Ali Paşa'ya haber gönderir. Durumu öğrenen Ali Paşa yanına aldığı iki köle ile hemen Rüstem Paşa'nın evine gider.
Rüstem Paşa'nın kızı Ayşe Sultan iyileşir ve Sultan Süleyman tarafından evlendirilir
KARA AHMED PAŞA:
Çok geçmeden de kendisi, 13 Zilkade 962’de (29 Eylül 1555) divan toplantısına katılmak üzere geldiği sırada ansızın idam edildi. Aynı tarihli bir kayıtta o gün Rüstem Paşa’nın vezîriâzam olduğu, Ahmed Paşa’nın içeride boğulduğu, cesedinin dışarı çıkarıldığı ve üç defterdar ile bir çavuşbaşının evine giderek bütün eşya ve mallarının sayımını yapıp zaptettikleri belirtilmektedir (BA, A.RSK, nr. 1455, s. 7). Ahmed Paşa’nın bu âni idamının sebebi kesin olarak belli değildir. Çağdaş kaynaklardan Celâlzâde Mustafa Çelebi, daha önceki başarıları sebebiyle adaletini ve kahramanlığını övdüğü Ahmed Paşa’nın katil sebebini vezîriâzamlık yükünü kaldıramamasına, işlerin üstesinden gelememesine, kanunları uygulamaktaki gevşekliğine, müşavereyi ihmal etmesine, Nahcıvan seferinde gerekli askerî tedbirleri almamasına ve böylece İsfahan’a kadar bütün İran’ın fethi fırsatının kaçırılmasına, faydalı sözleri dinlemeyip değersiz kimselerin sözlerine kulak vermesine bağlamaktadır. Ancak Celâlzâde’nin ileri sürdüğü bu iddiaların resmî görüşü yansıttığı açıktır. Yine olaylara şahit olan Habsburg elçisi Busbeke, 14 Temmuz 1556 tarihli mektubunda vezîriâzamın âni idamının herkesi şaşırttığını belirterek bu hususta duyduğu rivayetleri aktarır. Bazı kimselerin, Ahmed Paşa’nın Şehzade Mustafa’ya çok bağlı olup idamı üzerine el altından Düzmece Mustafa isyanını desteklediği ve Şehzade Bayezid’i taht için teşvik ettiği kanaatinde bulunduklarını, bazılarının ise Rüstem Paşa’ya yeniden vezîriâzamlık yolunu açmak için öldürüldüğünü söylediklerini yazar (Türk Mektupları, s. 113-114). Ayrıca daha sonra Kâtib Çelebi’nin de naklettiği bir anekdota temas ederek Ahmed Paşa’nın kendisine vezîriâzamlık teklif edildiğinde Kanûnî’den azledilmemesi için söz aldığını, padişahın da bu sözünü tutup onu azletmediğini fakat katlettiğini belirtir, ancak gerçek sebebin anlaşılamadığını söylemekten de geri durmaz. Ona göre Ahmed Paşa idam kararını serin kanlılıkla karşılamış, cellâtların kendisini boğmasını istememiş, bu işi tanıdığı değerli birisinin yapması talebinde bulunmuş ve kendi seçtiği bir kişi tarafından boğularak idam edilmiştir. Âlî ise azlini gerektirecek bir sebep yokken “mekr-i zenân” ile “bilâ-günah” katledildiğini söyler. Kanûnî’nin hanımı Hürrem Sultan’ın, damadı Rüstem Paşa’yı yeniden vezîriâzamlık makamına geçirmek için düzenlediği tertip sonucu sahte isnatlarla suçlanıp boynunun vurulduğunu, Şah Tahmasb’ın bile Ahmed Paşa gibi değerli bir vezirin “mekr-i nisvân” ile idam edilmesine şaşırdığını belirtir (Künhü’l-ahbâr, vr. 246a). Hammer, Osmanlı kaynaklarında bulunmayan bir rivayete temas ederek Ahmed Paşa’nın Mısır valiliğine getirttiği Dukakin Mehmed Paşa’nın çok vergi toplayıp önceki vali Semiz Ali Paşa’nın gönderdiği meblağdan çok daha fazlasını İstanbul’a yolladığını, bunun üzerine ikinci vezir olan Ali Paşa’nın padişah tarafından sorguya çekildiğini, bu kadar büyük meblağın ancak zulumle toplanabileceği kanaatinde olan padişahın durumun araştırılmasını istediğini, Ahmed Paşa’nın rakip olarak gördüğü Ali Paşa aleyhindeki tertiplerinin ortaya çıkması üzerine ondan soğuduğunu ve bu durumun Rüstem Paşa ile Hürrem Sultan’a iyi bir fırsat oluşturduğunu belirtir (Devlet-i Osmâniyye Târihi, VI, 58-59).
Saraydaki gizli iktidar çekişmelerinin kurbanı olduğu anlaşılan Ahmed Paşa, Kanûnî’nin kız kardeşi Fatma Sultan ile evli idi. Bazı kaynaklarda Rüstem Paşa’nın kardeşi olarak gösterilirse de bu bilgi doğru değildir. Daha sonra vezîriâzamlığa getirilen Lala Mustafa Paşa onun musâhibi idi. Yine sonradan defterdar ve reîsülküttâblık makamına gelecek olan Lâlezar Mehmed Çelebi ve Oğlan Memi Çelebi de onun hizmetinde yetişmişlerdi. Sağlığında inşasını başlattığı Topkapı mevkiindeki cami, medrese, mektep gibi binalardan müteşekkil külliyesi idamından sonra tamamlanmıştır. Bu hayratı için bir de vakfiye tanzim etmiş (2 Ramazan 962 / 21 Temmuz 1555), vakfının idaresini kethüdâsı Fîruz’a bırakmıştır. Vakfiyesinde aile efradından herhangi bir kimsenin adı geçmez. Türbesi caminin sağ yanında biraz uzağında bulunmakta olup hanımı Fatma Sultan’ın mezarı türbenin dışında solda muvakkithânenin yan tarafındadır. Her iki mezarda da mezar taşı kitâbesi bulunmamaktadır.